ストーリー

レイトン教授のもとへ届いた一通の手紙。
差出人はレイトンの旧友、クラーク・トライトンだった。

クラークの手紙によると、
「謎の巨人が現れて、次々に町を破壊している」という。

さらに、手紙には隠されたメッセージが…。

突然押しかけてきた、自称助手のレミとともに、
クラークの住む霧の町、ミストハレリへと向かったレイトン。

町では謎の巨人による被害の跡が残されていた。

「魔神の笛」が鳴り響くとき、それは現れる…。
ミストハレリに伝わる、謎の「魔神伝説」。

果たして、正体は神か？悪魔か？

そして、世界の終わりを予告する少年、
ルークと出会う…。

解明に向かうレイトンを待ち受ける、
さまざまなナゾ。
さらに迫りくる、新たなる闇…。

多くのナゾが絡み合い、浮かび上がる驚愕の真実！